Los alumnos de secundaria desarrollan actividades de aprendizaje en el sector Sur del Colegio.   Cinco pabellones (A, B, C, D, E) conforman la infraestructura que alberga los salones de clase para el desarrollo de lecciones, al mismo tiempo se cuenta con el cubículo de oficinas de Coordinación, un laboratorio de informática, un laboratorio de ciencias, capilla, sala de pastoral, ecología deporte, expresión artística (música) , sistema de altavoces y amplias áreas deportivo-recreativas.  

De acuerdo a la programación, los alumnos reciben lecciones utilizando las salas audiovisuales en el Centro Cultural La Salle.  

Los alumnos de secundaria están organizados en dos coordinaciones.  La primera atiende 7mos y 8vos grados.   La segunda atiende 9no, 10mo y 11mo grado.

El horario de secundaria es de 6:50 AM a 12:45 PM.  Ocasionalmente, de acuerdo a la calendarización, algunos estudiantes participan de actividades vespertinas como: grupos de pastoral, entrenamiento de selecciones, cículos de estudio...